Серия основана в 1997 году.
Начало серии было положено публикацией научных докладов, заслушанных и обсужденных на заседаниях Ученого совета Института российской истории РАН. К четвертому выпуску «Труды ИРИ РАН» превратились в издание, отражающее многогранную деятельность национального исторического института. На страницах «Трудов» находят отражение новейшие достижения в области изучения отечественной истории, историографии, публикации источников, краеведения, а также научно-организационная и международная деятельность ИРИ РАН.
С 2008 г. «Труды Института российской истории» включены в Перечень изданий, рекомендованных ВАК РФ.